Es concejal DC en Peñalolén, pero además trabaja como asesor del intendente metropolitano, Claudio Orrego, desde el 1 de julio de 2014, según Gobierno Transparente. Dentro de sus funciones se especifican los temas de ordenamiento territorial y gestión institucional en diferentes materias. Pero según una denuncia presentada en Contraloría por las consejeras regionales Karin Luck y Claudia Faúndez, Rogelio Zúñiga ejerce en la práctica como “administrador regional” y ha participado en el proceso de asignación de recursos a proyectos de diferentes municipalidades de la región, incluida la suya. Las denunciantes aseguran que incluso ha intervenido en el consejo regional a favor de proyectos de su comuna, acusándolo de graves infracciones a la probidad administrativa. El concejal DC no quiso responder a la denuncia.